원심의 업무방해·건조물침입죄에 대한 일부 유죄 판단, 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률위반(횡령)죄·업무상횡령 무죄 판단 역시 사실오해·법리오인의 잘못이 없다고 판단했다.
1심 재판부는 방대본의 교인명단 제출요구는 감염병예방법이 정한 역학조사에 포함되기 어려워 신천지가 거짓 자료를 제출하고 고의로 사실을 누락·은폐했어도 처벌하기 어렵다고 봤다. 또한 방대본이 요구한 자료의 범위가 불명확해 신천지가 고의로 일부를 빠뜨렸다고 보기도 어렵다고 했다.
또한 이 총회장이 '평화만국회의' 기념행사를 위한 화성종합경기타운 대관 신청이 반려되자 다른 단체 명의를 사용해 허가를 받아 사용하고 수원월드컵주경기장에서 행사를 강행한 것은 위계에 의한 업무방해에 해당한다며 유죄로 판단했다.
다만, 서울 올림픽공원 평화의 광장에 무단으로 들어갔다고 보기 어렵고 안산도시공사의 안산와스타디움 사용허가취소는 위법해 (사)하늘문화세계평화광복(HWPL)의 경기장 출입을 건조물침입으로 볼 수 없다고 봤다.
이 총회장이 업무상 보관하고 있는 신천지·HWPL의 자금 54억여 원을 △배 구입비용 △동성서행 경비 △평화의궁전 건축비용 등의 명목으로 받아 개인적으로 사용한 것은 업무상횡령죄에 해당한다고 판단했다.
2심 역시 1심과 판단을 같이했다.
이 총회장은 구속상태에서 재판에 넘겨졌지만 1심 도중 보석이 인용되며 석방돼 불구속 재판을 받았다.